军民融合战备物资储备的工作运行机制，是指推动军地战备物资储备资源相互转移所需动力的产生机理，以及维持这种机理的各种关系的总和。概括起来，主要包括以下几种。

　　军地联储机制。建立军队、政府和企业联储机制，充分发挥各自特点和优势，对不同的战备物资采取不同的储备方式，形成动静结合、虚实结合的储备机制。一是静态储备与动态储备相结合。制定参与动态储备的战备物资目录，保持一定仓储量的基础上，让这类物资参与市场流通、分配和交易，产生市场价值。二是实物储备与能力储备相结合。该储备机制的实质是，对于那些短期内市场很难大规模供应、战争初期需求量大的战备物资主要采取实物储备，对于那些市场动员潜力大、企业生产能力强、更新轮换快的战备物资主要采取储备生产能力的方式。三是军队仓储与以厂代储相结合。军队与生产企业、物流企业签订合同，预先支付企业一定储备费用，由企业直接储备一定规模的物资，当有军事需求时，军队优先使用储备物资，由企业直接向部队供货。

　　市场运作机制。战备物资储备要搞军民融合，就必须遵循市场规则，按价值规律办事。市场运作机制主要包括准入与退出机制、竞争机制。一是准入与退出机制。应该在符合保密规定的基础上，对有意参与战备物资储备的企业进行全面考核。对于符合条件的企业发放许可证，准许进入；对于暂时不符合条件的企业纳入准许进入预备期，允许其进行一段时间调整；对于已经发放许可证的企业，但评估达不到标准的，纳入退出范围，根据整改情况决定是否吊销许可证、登记退出。二是竞争机制。军队和政府要建立健全配套法规、出台优惠政策，形成公平、公正的良好竞争环境，对准许参与战备物资储备的企业，采取公开招标、邀请招标、指定招标的方式将非核心储备业务进行外包，加强引导，调动积极性。

　　评估机制。评估机制的主要内容包括建立评估指标、健全评估机构、选择评估方法、完善评估法规。评估指标要科学合理，全面考虑储备工作的军事效益、经济效益、技术标准、安全风险等指标，特别要重视对质量效益评估，充分体现“降低投入、提高效益”的原则；评估机构应该选择独立于军队和企业的第三方，确保资质，明确责任；评估方法应该以定量分析为主，体现需求、资源、质量之间的量化关系；评估法规则要配套制定相关的条例、实施细则、工作指南等，使军队、企业和评估机构三者责权利分明，各司其职，各得其所。

　　监督机制。监督机制主要是实行内外双向的立体监督方式。内部监督方面，整个储备工作主要由物资储备部门、合同订立部门、合同管理部门、企业主管部门共同负责完成，部门之间相对独立、相互制约，通过落实信息反馈、责任追究制度，可以互相有效监督，使整个储备工作形成既紧密联系又相互独立的有机整体。外部监督方面，财务部门、审计部门、纪检部门依法监督，加强事前、事中和事后监督，对企业资格审查、合同签订过程、合同履行情况、企业服务质量、部门违法违纪行为等进行全面监管。

　　激励机制。激励机制主要包括正强化激励和负强化激励。从正强化激励的角度出发，对工作突出的联勤保障中心进行通报表彰、优先支持等奖励政策，对符合条件的企业采取资金扶持、减免税收、延长合同期限、优先订货、协调解决困难等措施，对优秀个人可以采取加薪、升职、奖励、表彰、解决个人困难等形式激励。负强化激励是指提前告知会受到惩罚的行为来避免行为发生，对于违反的储备实体采取警告、罚款、取消准入许可等方式，对于个人则采取行政手段进行警告。

　　保密机制。战备物资储备工作涉及很多国家、军队秘密，加强保密机制建设是必不可少的。强化保密宣传教育，在参与的企业内营造浓厚保密氛围；贯彻保密制度，对战备物资储备工程实施全程监管；落实保密责任，确保每个涉密终端、个人得到有效规范；加大检查力度，实施奖惩激励措施。对于参与战备物资储备的生产企业进行保密资格审查认证，在合同签订中明确保密条款，合同履行过程中对重要厂房、仓库、设施设备、人员进行严格审查。对于向部队直接供货或大项任务伴随保障的地方物流企业，也要严格资质审查，对涉及的物流人员登记备案，加强保密教育。